Программа разработана Исполкомом МФСА в сотрудничестве с организациями системы ООН, Всемирным банком, АБР, ЕС, а также правительствами ряда стран-доноров. На реализацию более 300 проектов, включенных в программу, предусмотрено направить свыше $8,5 млрд. Первые две программы были реализованы в 1995—2010 годах.

— В целях рационального использования водных ресурсов и улучшения экологии Приаралья реализовано множество проектов, — говорит руководитель агентства фонда Нормухаммад Шералиев. — В частности, на высохшем дне Арала было разбито почти 400 тысяч гектаров леса. В настоящее время высота саксаула, который предотвращает подъем вредных солей в воздух, достигла четырех-пяти метров. Восстанавливается экосистема засоленных песков, увеличивается количество травянистых растений, в связи с возрождением естественной среды обитания в регион снова возвращаются птицы и звери.

В рамках этих программ странами Центральной Азии, в основном за счет собственных средств, проведены значительные работы по развитию механизмов совместного управления водными ресурсами бассейна Арала, реабилитации зон экологического бедствия, обеспечению населения чистой питьевой водой, улучшению здоровья населения. Общий вклад стран—членов МФСА в реализацию проектов на 2003—2010 годы составил более $2 млрд. Донорская помощь в их реализации составила более одного процента от этой суммы.

При разработке программы был использован план действий, принятый по итогам международной конференции «Проблемы Арала, их влияние на генофонд населения, растительный и животный мир и меры международного сотрудничества по смягчению их последствий», проведенной при поддержке ООН в марте 2008 года в Ташкенте. Он предусматривает реализацию проектов в девяти областях: обеспечение водой и развитие коммунальной сферы, улучшение мелиоративного состояния земель, совершенствование обеспечения услуг здравоохранения, в образовании и науке. Среди его пунктов также создание рабочих мест, гендерное равенство, развитие транспортной инфраструктуры, борьба с опустыниванием и охрана окружающей среды, внедрение альтернативных источников энергии. В общей сложности более ста проектов на сумму около $1,5 млрд.

В 2013 году проведены соответствующие мероприятия в Приаралье на общую сумму $1,3 млрд., в том числе по созданию малых локальных водоемов в дельте Амударьи, строительству водозаборных сооружений с опреснительными установками, созданию защитных лесных насаждений и орнитологическому мониторингу водоемов Южного Приаралья.